Michael Scofield es un hombre desesperado en una situacion gualmente desesperada. Su hermano, Lincoln Burrows, esta condenado a la pena de muerte y esta programada su ejecucion unos cuantos meses. Todo ello por un asesinato que Michael esta convencido de que su hermano Lincoln no ha cometido. Sin ninguna otra opcion con el tiempo corriendo en su contra y agotandose, Michael decide robar un banco para que lo encarcelen junto a su hermano en la penitenciaria estatal de Fox River.
Una vez dentro de la prision sabemos que Michael, es un ingeniero en arquitectura, que estan posesible los planos de la prision y que ha trazado un elaborado plan para fugarse con su hermano y poder demostrar su inocencia desde fuera de la carceel. El veterano oficial del correccional, Bellick ofrece cierta sabiduria y conocimientos de la prision cada llegar Michael. Despues con la ayuda de su compañero de celda, Sucre, Michael comienza a reclutar a un peculiar grupo de prisioneros, todos diferentes entre que incluyen al antiguo jefe de la mafia John Abruzzi y a Charles Westmoreland, un hombre que cree que es el infame pirata año, D.B. Cooper.
